위법한 세무조사를 근거로 과세처분이 이루어지는 경우, 그 세무조사 절차상의 하자를 이유로 과세처분이 위법하게 되는지 문제가 된다. 이렇게 되면 과세처분 자체를 부정시킬 수 있다. 세무조사의 절차적 위법과 이 과정에서 수집된 증거들을 토대로 한 과세처분의 관계에 대해 위법 사유가 된다는 견해와 위법 사유가 되지 않는다는 견해가 있다.

① 세무조사 절차의 위법성이 과세처분의 위법 사유가 된다는 견해로는 불법한 세무조사를 통해 수집한 자료에 기해 행해진 과세처분이 비록 조세실체법의 적용 면에서 타당하다고 하더라도 과연 유효한가 살펴볼 때, 절차적 공정성이 헌법의 기본이념으로 점차 강조되고 있는 실정에 비추어 볼 때 위법한 조세 절차에 기한 과세처분은 위법한 것으로 취소 사유가 된다고 본다. 일반 세무조사 절차에서 질문검사권에 대한 사법적 억제제도가 없는 상태에서 그러한 과세처분을 인정한다면 위법한 조사에 대한 구제를 받을 길을 봉쇄하는 것이 되기 때문이다.

② 세무조사 절차의 위법은 중대한 경우를 제외하고는 과세처분의 위법 사유가 되지 않는다는 견해가 있다. 세무조사의 절차는 과세관청이 과세요건의 내용이 되는 구체적 사실의 존부를 조사하기 위한 절차로서 그 조사 절차에 위법이 있어도 그 위법이 극히 중대해 처분의 내용에 영향을 미칠 정도의 경우가 아닌 한, 그 자료에 기한 과세처분은 객관적인 소득에 합치하는 한에 있어서 적법하다고 한다.

결국, 양 견해에 의할 때 세무조사 절차의 위법은 과세처분의 위법 사유를 구성하는 것을 부정하지는 않지만, 후자가 과세행정의 안정성을 보다 강조하는 견해로 보인다. 각 판례로 예를 들어보겠다.

세무조사 미통지(대법원 2009.04.23. 선고, 2009두2580판결)

세무조사를 실시함에 있어 당초에는 2004년 1기분부터 2005년 1기분까지의 원고의 부가가치세를 대상으로 세무조사를 하다가 임의로 2001년 1기분부터 2005년 2기분까지의 부가가치세 및 종합소득세를 대상으로 한 세무조사로 확대하고

과세관청은 대상자에게 사전통지하지 않았으며, 세무조사 착수 시에 사전통지 생략에 대한 안내 및 납세자권리현장을 미교부에 따른 절차적 위법을 사유로 무효 여부를 다투는 사안에서

과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 해서 되는 것이기 때문에 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사 절차에 위법이 있다 하더라도 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소 사유로는 되지 않으며, 사무처리규정을 위반한 과세처분도 위법하다고 볼 수 없다고 판시했다.

납세자권리헌장 미교부(서울고등법원 2010. 10. 28. 선고 2010누3468 판결)

세무조사와 관련해 납세자권리헌장을 교부받지 못했을 뿐만 아니라 세무조사통지도 받지 못했고, 세무조사의 이유에 대한 설명도 듣지 못했으므로, 이 사건 처분은 적법절차를 준수하지 않은 위법한 세무조사에 기초해 이루어진 것으로서 위법 여부를 다투는 사안에서

과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 해서 되는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이어서, 세무조사 절차에 다소 위법이 있었다고 하더라도, 실질적으로 전혀 조사를 하지 않거나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만으로 과세처분의 취소 사유로는 되지 않는다고 할 것이므로, 납세자권리헌장을 교부하지 않았다는 사유만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다고 판시했다.

이는 사전통지를 생략한 위법이 있다 하더라도 이는 중대한 절차 위반이 아니어서 과세처분에 영향이 없다고 보는 것이다.