세무조사사전통지라 해서 세무공무원은 세무조사(‘조세범 처벌절차법’에 따른 조세범칙조사는 제외한다)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사 대상 세목, 조사 기간 및 조사 사유, 그밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지해야 한다. 다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그렇지 않다(국세기본법 제 81조의 7). 한편 통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대관할 세무관서의 장에게 조사 연기를 신청할 수 있으며, 연기 신청을 받은 관할 세무관서의 장은 연기 신청 승인 여부를 결정하고 그 결과를 조사 개시 전까지 통지해야 한다.

조사관리자는 조사 시작 전에 조사공무원을 대상으로 조사공무원 행동수칙에 대한 교육을 실시해야 하며 조사공무원은 세무조사를 시작할 때 신분증과 조사원증을 반드시 소지하고 납세자 또는 관련인에게 제시해야 한다. 이때 조사공무원은 조사 사유 등 필요한 사항을 납세자에게 상세히 설명한 후 조사를 시작해야 한다(조사사무처리규정 제23조 내지 제25조). 조사공무원이 세무조사를 시작하는 때는 ‘국세기본법’ 제81조의 2(납세자권리헌장의 제정 및 교부)에 따라 국세청장이 제정·고시한 납세자권리헌장을 납세자에게 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주는 등 납세자가 보장받을 수 있는 권리를 설명해 주어야 하며, 납세자권리헌장, 세무조사 사전통지 등의 수령증을 제출받아 조사 서류와 함께 보관해야 한다. 또한 조사공무원이 세무조사를 시작하는 때는 조사 대상자 및 세무대리인과 함께 청렴서약서를 작성해 조사관서장에게 제출해야 한다.

세무조사는 법령에 규정된 절차에 따라 진행되며 세무대리인의 조력을 받을 수 있다.

세무조사는 그 실시 자체만으로도 납세자 및 국민의 영업의 자유와 재산권에 대한 상당한 제한이 되므로 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위해 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 해야 하며, 다른 목적 등을 위해 조사권을 남용해서는 안 된다(국세기본법 제81조의 4 내지 제81조의 5).

조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 등을 제외하고 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없는 등 조사권 남용을 통제하고 있다.

세무조사 범위 확대와 관련해도 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우, 일반조사에서 법칙조사로 전환하는 경우, 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사 대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없으며, 이 경우에도 납세자권익존중위원회 또는 납세자보호(담당)관의 승인을 거치도록 하는 등 조사공무원을 재량을 제한하고 있다(조사사무처리규정 제39조).

한편 납세자는 세무공무원의 적법한 질문·조사, 제출명령에 대해 성실하게 협력해야 하며, 납세자가 장부 또는 증빙서류, 물건, 그 밖의 관련 문서 등을 파기·은닉하거나 열람 또는 제출명령에 대해 기피·지연하는 경우 조사 기간의 연장, 과태료의 부과, 조세범칙조사의 실시, ‘조세범 처벌법’ 등 관련 법령에 따른 통고처분 등 적절한 조치를 취할 수 있다(조사사무처리규정 제29조)

세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때는 납세자에게 통지한 조사 기간이 종료한 날(다만, 통지한 조사 기간 전에 조사를 종결한 경우에는 조사종결일)로부터 20일 이내에 ‘국세기본법’ 제81조의 12에 따라 세무조사결과통지서에 세무조사 결과를 기재해 납세자에게 통지해야 한다.