국가의 재원조달에서 가장 중요한 것은 모든 납세자들에게 공평하게 세금을 부과하는 것이다. 그러나 대부분의 세금은 신고세목으로 납세자가 신의성실하게 납부해야 할 세금을 신고 납부했다는 전제를 바탕으로 하고 있지만, 모든 납세자가 항상 성실하게 신고 납부했다고만은 볼 수 없다. 따라서 과세자료를 수집하고 세무조사를 통해 신고의 정확성 여부를 검증하는 것은 불가피하다고 볼 수 있다.

하지만 세무조사는 세무조사라는 이름으로 개인의 인권이나 재산권을 침해하는 사례가 빈번한 현실에 비추어 납세자에게는 현실적으로 직면하는 매우 중요한 문제이다.

세무조사절차 준수는 납세자의 권익보호를 위한 기본적인 절차로, 국세기본법 제7장의 2에서는 납세자권리현장의 제정 및 교부, 납세자의 성실성 추정, 세무조사권 남용금지, 세무조사 시 조력을 받을 권리, 세무조사 관할 및 대상자 선정, 세무조사의 사전통지와 연기신청, 세무조사기간, 세무조사 범위 화대의 제한, 장부·서류보관 금지, 통합조사의 원칙, 세무조사의 결과 통지, 비밀유지, 납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공, 과세전적부심사, 국세청장의 납세자권리 보호, 납세자의 협력 의무, 납세자보호위원회 등의 권리를 규정하고 있다.

2017년 개정세법에서는 세무조사관련 납세자 권익보호 강화를 위해 세무조사통지 기한 보완, 세무조사와 직접 관련 없는 자료제출 요구 금지, 세무조사 결과 설명 의무 및 통지 등을 신설해 납세자의 권리를 한층 더 강화하는 데 노력하고 있다.

이하에서는 세무조사 절차에 대해 살펴보겠다.

기본적으로 정기조사를 하는데 세무공무원은 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위해 다음과 같이 대상을 선정해 세무조사를 할 수 있다.

- 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대해 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

- 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자에 대해 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려해 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지 검증할 필요가 있는 경우

- 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

수시조사가 있는데 세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

- 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 않은 경우

- 무자료 거래, 위장·가공 거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

- 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

- 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

- 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 금품 제공을 알선한 경우

다음으로 부과처분을 위한 실사조사가 있는데 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의해 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위해 세무조사를 할 수 있다.

예외적으로 세무공무원은 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하(개인은 간편장부자, 법인은 수입금액 1억원 이하인 자)인 사업자이고 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자에 대해서는 세무조사를 하지 않을 수 있다.

①모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기방식으로 장부를 기록·관리할 것

② 과세기간 개시 이전에 ‘여신전문금융업법’에 따른 신용카드가맹점으로 가입하고 해당 과세기간에 법 제84조의 2 제1항 제3호 각 목의 행위를 하지 않을 것(‘소득세법’ 제162조의 3 제1항 및 ‘법인세법’ 제117조의 2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입해야 하는 사업자만 해당한다)

③ 과세기간 개시 이전에 ‘조세특례제한법’ 제126조의 3에 따른 현금영수증가맹점으로 가입하고 해당 과세기간에 법 제84조의 2 제1항 제4호 각 목의 행위를 하지 아니할 것(‘소득세법’ 제162조의 3 제1항 및 ‘법인세법’ 제117조의 2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입해야 하는 사업자만 해당한다)

④ ‘소득세법’ 제160조의 5에 따른 사업용 계좌를 개설해 사용할 것(개인인 경우만 해당한다)

⑤ 업종별 평균 수입금액 증가율 등을 고려해 국세청장이 정해 고시하는 수입금액 등의 신고기준에 해당할 것

⑥ 해당 과세기간의 법정신고 납부기한 종료일 현재 최근 3년간 조세범으로 처벌받은 사실이 없을 것

⑦ 해당 과세기간의 법정신고 납부기한 종료일 현재 국세의 체납사실이 없을 것