아파트 등의 집합건물의 분양자 또는 그 건물 공사계약의 도급인이 그 건물의 시공자이자 수급인을 상대로 하자 보수에 갈음한 손해배상청구를 하는 사안에서, 수급인이 도급인에게 부담하는 하자 보수에 갈음한 손해배상의 범위에 부가가치세가 포함되는지가 문제될 수 있다. 관련해 대법원 2015. 1. 29. 선고 2014다211947 판결은 ‘수급자의 도급공사상 하자로 인해 그 하자 보수를 요하는 경우에, 도급자가 부가가치세법상의 납세의무자인 사업자로서 그 하자 보수가 자기의 사업을 위해 사용되었거나 사용될 용역의 공급에 해당하는 때는 그 하자 보수에 소요되는 부가가치세는 부가가치세법상의 매입세액에 해당되는 것이어서 도급자가 자기의 매출세액에서 공제하거나 환급받을 수 있으므로 위 부가가치세는 실질적으로 도급자의 부담으로 돌아가지 않게 되어, 이러한 경우에는 다른 특별한 사정이 없는 한 도급자가 수급자에게 위 부가가치세 상당의 손해배상을 구할 수 없다’고 판시해, 사업자인 도급인의 수급인에 대한 부가가치세 상당의 손해배상청구를 부정한 바 있다.

종전에는 분양자가 시공자로부터 부가세를 공제한 손해배상금을 지급받아 제3자에게 하자 보수를 맡기지 아니한 채 구분소유자에게 그대로 손해배상금을 지급하는 경우에는 분양자에게 용역을 공급하는, 즉 매입세금계산서를 교부하는 제3자가 존재하지 아니하므로 분양자로서는 매입세액 공제를 받을 여지가 없는 점, 시공사와 공동피고가 된 하자 보수보증인은 소송의 결과에 따라 입주자대표회의에 부가세가 포함된 하자 보수비를 지급한 다음, 시공자에게 같은 금액을 구상하게 될 것이므로 결국 시공자는 사용검사 후 하자에 관해는 부가세를 포함한 하자 보수비용을 부담하게 될 것이라는 점 등의 이유를 들어 부가가치세를 부정하는 입장을 비판하는 견해도 존재했다. 하지만 이 대법원 판결로써 위와 같은 비판적인 견해는 더 이상 유지되기는 어려울 것으로 판단된다.

한편 이 대법원 판결의 법리에 따르면, 도급인이 부가가치세 면세사업자로서 그 하자 보수에 소요되는 부가가치세가 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에서 규정한 ‘면세사업과 관련된 매입세액’ 등에 해당해 이를 자기의 매출세액에서 공제하거나 환급받을 수 없는 때에는 그 부가가치세는 실질적으로 도급인의 부담이 되므로, 도급인은 수급인에게 그 부가가치세 상당의 손해배상을 청구할 수 있다고 할 것인데, 대법원 2015.12.10. 선고 2015다218570 판결은 ‘이 사건 아파트의 모든 세대의 주거전용면적은 85㎡를 초과하지 않으므로, 원고가 이 사건 아파트를 건축·분양한 것은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제106조 제4항, 제51조의2 제3항 및 주택법 제2조 제3호에 따라 부가가치세가 면제되는 면세사업인 ‘주거전용면적이 1호 또는 1세대당 85㎡ 이하인 주택의 공급’ 또는 ‘그 주택의 건설용역 공급’에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 앞서 본 법리에 비추어, 국민주택인 이 사건 아파트에 관한 하자 보수용역의 공급으로 인한 부가가치세는 면세사업인 원고의 이 사건 아파트 공급사업에 관련된 매입세액에 해당해 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 원고의 매출세액에서 공제하거나 환급받을 수 없으므로, 원고는 피고들에 대해 그 부가가치세 상당의 손해배상을 구할 수 있다’고 판시해 이와 다른 전제에서 비롯된 원심을 파기한 바 있다.