선분양·후시공의 방식으로 공급되는 아파트와 달리 먼저 아파트 시공이 이루어지고, 일정 기간 경과 후 분양 전환의 방식으로 분양계약이 체결되는 임대 후 분양 전환 아파트도 일반 아파트와 같이 하자 보수 및 담보 책임에 관한 근거 법률로 집합건물법과 주택법이 적용될 수 있는지에 대한 논란이 있었다. 일반 매매계약의 법리가 적용된다는 임대사업자의 주장에 따르면 구분소유권을 취득한 입주자들의 임대업자 겸 분양자에 대한 하자 담보 청구권은 6월의 제척기간이 경과하면 소멸하게 된다. 실제 이와 같은 취지로 구분소유자들의 청구를 기각한 일부 하급심 판결도 있다. 그러나 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011다42270 판결은 다음과 같이 판시해, 이 부분에 관한 논란을 종식시켰다.

즉, 대법원은 ‘이 사건 아파트와 같이 임대아파트로 건축되어 5년 정도 임대되었다가 분양 전환된 아파트의 경우에도 구 집합건물법 제9조 제1항 및 그에 의해 준용되는 민법 제667조 내지 제671조가 적용될 수 있는지에 대해 살펴본다. 구 집합건물법 제9조는 집합건물을 건축해 분양한 자로 하여금 견고한 건물을 짓도록 유도하고 부실하게 건축된 집합건물의 소유자를 두텁게 보호하기 위해 집합건물을 건축해 분양한 자의 담보 책임에 관해 민법상 수급인의 담보 책임에 관한 규정을 준용하도록 함으로써 담보 책임의 내용을 명확히 하는 한편 이를 강행규정으로 했고, 위 규정에 의한 하자 담보추급권은 현재의 집합건물 소유자에게 귀속하는 점, 분양 전환 가격을 결정함에 있어서 아파트의 노후 정도는 이미 평가되었다고 하더라도 부실시공으로 인한 아파트의 하자까지 모두 반영되어 그 가격이 결정되었다고 단정할 수 없는 점, 분양 전환되기 전의 임차기간 동안 입주자들이 임대차계약에 기해 하자 보수를 요구할 수 있다고는 하나, 임차인의 지위에서 인정되는 하자 보수 청구권과 분양을 받은 소유자의 지위에서 인정되는 하자 담보 추급권은 그 법적 성질 및 기능이 동일하다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 분양 전환된 임대아파트의 경우에도 구 집합건물법 제9조 제1항 및 이에 의해 준용되는 민법 제667조 내지 제671조가 적용된다’고 판시해 임대아파트의 경우도 일반 아파트와 동일하게 집합건물법 등이 적용된다고 본 것이다. 그리고 이 판결은 더 나아가서 그 하자 담보 책임 기간은 민법 제671조 제1항 단서에 의해 최초 임차인들에게 인도된 때로부터 10년이라고 봄이 상당하다고 판시하기까지 했다.

한편, 개정 집합건물법의 하자 담보 책임에 관한 규정은 2013. 6. 19. 이후 분양된 아파트의 경우에 적용되는데, 준공은 위 개정법률 시행 전에 있었지만 분양 전환은 그 법 시행일 이후에 이루어진 경우, 종전의 법리에 따라 하자 담보 책임의 범위를 판단해야 하는지, 아니면 분양 전환 시기의 개정법에 따라 판단해야 하는지 다툼이 예상되고, 또 개정 집합건물법과 그 시행령은 담보 책임 기간의 기산일 전에 발생한 하자에 대한 하자 담보 청구권의 제척기간을 5년으로 정하며, 공용 부분 하자는 사용검사일부터, 전유 부분 하자는 구분소유자에게 인도된 날부터 각 그 기간이 시작된다고 정하고 있어, 공용 부분의 경우는 사용검사일 전에, 전유 부분의 경우는 구분소유자에게 집합건물이 인도되기 전에 발생한 하자에 대한 담보추급권이 제척기간의 도과로 인해 그대로 소멸될 것인지(사용검사일 등으로부터 5년 이후에 분양 전환이 이루어진 경우), 아니면 이와 같은 경우는 분양 전환일로부터 담보 책임기간이 기산되어야 하는 것인지가 앞으로 임대아파트의 하자 보수 등과 관련된 쟁점이 될 수 있을 것이다.