국방부는 20일 “ ‘사이버사령부가 사이버심리전과 관련하여 ‘업무협조’라는 이름의 국정원 지침을 받아 움직였고,정치적 댓글 활동 현황을 ‘사업결과 보고’라는 형태로 블랙북에 담아 장관에게 보고했다’는 보도내용은 사실이 아니다”라고 밝혔다.

국방부는 “사이버사령부는 국방부 직할부대로서 타 기관의 지침을 받아 활동하는 것은 결코 있을 수 없으며 이른바 국정원이 작성했다는 업무협조는 통일부를 포함 유관기관에 배포하는 북한관련 참고자료”라고 강조했다.

국방부는 이어 “언론에서 주장하는 사이버사령부의 블랙북 형태의 보고서는 사이버해킹과 침해현황, 북한의 사이버 선전선동 동향 등에 관한 상황을 전파하기 위한 목적으로 작성되며 장관을 포함한 국방부 합참 주요 직위자, 청와대 상황실 등에 50여부가 배포되는데, 국정원에는 배포하지 않는다”고 설명했다.

또한 " ‘심리전 관련 내용을 청와대에 보고하고 3개월에 한번씩 회의도 했다’는 보도 내용도 사실이 아니다"며 "이명박 정부 당시 위기관리실 주관 하에 정보관계관 회의가 분기 단위로 개최되었는데 이 것은 정상적인 정부의 활동이었고 정치글 관련 사안은 있을 수가 없다"고 밝혔다.

그리고 정보관계관 회의에는 사이버사령부는 물론 통일부 국방정보본부 기무사 등 유관기관이 참가하여 북한의 일반 정세와 군사위협 대책등을 협의한 것이라고 설명했다.

사이버사령부 댓글의혹에 대해서는 "현재 철저한 수사가 진행중이므로 관련내용에 대해 언급하는 것은 적절치 않으며 군의 정상적인 업무활동까지도 일부언론에서 지속적이고 무분별하게 왜곡 보도하고 있는 것에 대해 깊은 유감을 표한다"고 밝혔다.